Rientrano nel progetto “Sacro Monte di Varese: la Cripta del Santuario e la porta del Duomo, due patrimoni simboli di arte e fede” i risultati derivanti dallo scavo archeologico di tre sepolture nella Cripta del Santuario del Sacro Monte di Varese. 

La Cripta è il cuore della fede varesina e l'intervento di indagine è stato condotto da Archeo Studi Bergamo con il dott. Roberto Mella Pariani, sotto la direzione scientifica della Soprintendenza Archeologia Belle Arti e Paesaggio per le province di Como, Lecco, Monza Brianza, Pavia, Sondrio, Varese. 
Oggetto dell'operazione tre sepolture ad arcosolio presenti nel corridoio di accesso alla Cripta, già rinvenute durante i lavori condotti tra il 2013-2015.

Le indagini hanno permesso di recuperare resti ossei di notevole interesse, permettendo di ipotizzare la funzione di oratorio funerario per l’ambiente all’interno del quale sono stati rinvenuti. E' stato oltremodo possibile fornire elementi utili alla datazione del sacello. 
Infatti, è solo grazie alla ricerca archeologica che si è potuto ricostruire il quadro d'insieme del contesto, poiché non emerge alcuna traccia documentaria a riguardo. 

Così ha commentato l'Assessore all’Autonomia e Cultura di Regione Lombardia Stefano Bruno Galli:

"[…] Un’indagine archeologica, un viaggio a ritroso del tempo, sotto la superfice della storia, alla ricerca dei resti conservati nelle tombe della Cripta romanica nel Santuario di Santa Maria del Monte. […] Entrambi i lavori sono uno straordinario esempio di quanto i siti lombardi patrimonio Unesco, siano una fonte inesauribile di tesori, di conoscenza e di ricchezza per le comunità locali sulle quali insistono."