La Cripta del Sacro Monte di Varese, cuore della fede varesina, ha visto la sua riapertura dopo anni di chiusura, grazie al progetto architettonico dell'Arch. Gaetano Arricobene e a quello strutturale dell'Ing. Jurina.
L'operazione è iniziata nel 2013 e si è conclusa nell'ottobre del 2015.

L'attuale santuario, del 1600, è costruito sui resti di una chiesa già esistente e di cui è sopravvissuto il solo chiostro ipogeo, oggetto della messa in sicurezza strutturale.
Quello considerato è un locale finemente affrescato, coperto da nove volte a crociera, che poggiano su quattro esili pilastri centrali in pietra e che, negli anni Trenta del Novecento, ha subito un intervento di salvaguardia della staticità delle volte.
L'antico intervento comprendeva la messa a punto di due travi in acciaio, responsabili, però, del deturpamento e della poca visione d'insieme del vano.
Alla luce di questo, l'obiettivo progettuale contemporaneo è stato quello di rimuovere le vecchie travi, in favore di una soluzione più snella, che non pregiudicasse comunque la sicurezza delle volte e del soprastante altare.
L'intervento strutturale non è stato il solo; infatti si è legato a quello di diagnostica, con l'obiettivo di preservare le stesure pittoriche ad affresco del sacello.
L'indagine è stata condotta dal Dott. Luigi Soroldoni, il quale ha effettuato delle analisi chimiche, per avere una conoscenza più approfondita circa i manufatti interessati. Oltre a conoscere i dipinti da un punto di vista materico, le analisi sono state fondamentali per scegliere la tipologia di intervento da adottare; sono state eseguite delle spolverature, la messa in sicurezza delle parti che presentavano fenomeni di distacco e la protezione delle stesse attraverso una velinatura con carta giapponese e pannelli di polistirolo per attutire eventuali colpi durante gli interventi più macchinosi.
Le analisi condotte in laboratorio su piccoli prelievi di pellicola pittorica hanno suggerito di non rimuovere il trattamento superficiale, poiché responsabile di un effetto di lucentezza molto gradevole ad occhio nudo. 
Il consolidamento è stato poi eseguito tramite delle iniezioni di calci idrauliche, avvenute in due fasi per ogni zona considerata.
Si è trattato di un intervento filo archeologico, volto a rispettare le tracce di vita della Cripta. Dai restauri sono emersi numerosi graffiti, testimonanza del passaggio dei fedeli, ed il più antico risale al 1496.
Oltre alla superficie della cripta, sono stati restaurati anche gli intonaci dei due corridoi, dai quali sono affiorati diversi elementi decorativi eseguiti a graffito.
Dalla relazione del Laboratorio San Gregorio srl è emerso che i restauratori si sarebbero dovuti occupare di un solo dipinto, danneggiato a causa della sua continua esposizione agli agenti atmosferici. Nonostante questo, però, la rimozione di un armadio ha permesso di rilevare e rivelare un altro affresco, in stato conservativo decisamente migliore.

"Ed è questo quello che spinge ad esercitare il "mestiere" del restauratore: è la passione, l'affrontare interventi, per restituire una condizione di salubrità ai manufatti artistici affinché [...] possano continuare ad essere testimonianza della cultura e della religiosità di un popolo [...]."

Degli affreschi non è noto l'autore, ma nonostante questo le analisi eseguite hanno permesso di individuarne la tecnica pittorica, le diverse mani degli autori di alcune raffigurazioni e anche di approfondire la conoscenza di elementi fino ad ora sconosciuti.

Il restauro è stato seguito per la Soprintendenza per i Beni ambientali e paesaggistici dall'arch. Giuseppe Stolfi, per la Soprintendenza per i Beni Artistici e Storici dalla Dott.ssa Isabella Marelli e per la Soprintendenza per i Beni Archeologici della Lombardia dalla Dott.ssa. Barbara Grassi.
Per conto dell'autorità diocesana hanno seguito la procedura Giovanni Maggi e Mariolina Cariati, dall'Ufficio Amministrativo; Carlo Capponi, responsabile dell'Ufficio Beni Culturali.